Мушарраф родился в Дели в семье дипломата. В 1961 - 1964 годах учился в Пакистанской военной академии в Какуле, после 1971 года - в Командно-штабном колледже в Кветте, Национальном колледже обороны в Равалпинде, а также в Королевском колледже оборонных наук в Великобритании.
Мушарраф пришел к власти в 1999 году в результате военного переворота и сначала занимал должность премьера. В 2001 году он провозгласил себя президентом, сохранив за собой должности главы правительства и начальника штаба сухопутных сил. В 2002 году срок президентства Мушаррафа продлили на 5 лет.
В 2007 году Мушарраф вступил в конфликт с собственным окружением и с Верховным судом, который был против его участия в очередных президентских выборах. 6 октября 2007 года Мушарраф все же был переизбран на новый срок. Верховный суд затягивал утверждение результатов голосования. В результате в Пакистане начался политический кризис.
Мушарраф ввел чрезвычайное положение, остановил действие конституции и части гражданских свобод, а позже принял присягу президента.
Парламентские выборы, состоявшиеся в феврале 2008 года, принесли победу оппозиции. Чтобы избежать импичмента, Мушарраф 18 августа 2008 года ушел в отставку и уехал в Лондон.
В 2013 году Мушарраф вернулся в Пакистан для участия в парламентских выборах, но через несколько дней против бывшего президента возбудили несколько уголовных дел, в том числе по обвинению в убийстве экс-премьера Беназир Бхутто и государственной измене.
Мушаррафа арестовали и отправили под домашний арест.
В марте 2016 года Мушаррафу разрешили выехать за границу на лечение, но он пообещал вернуться в Пакистан, чтобы предстать перед судом. 17 декабря 2019 года Специальный суд Пакистана объявил Мушаррафу смертный приговор. Его признали виновным в государственной измене за введение в 2007 году чрезвычайного положения.
В последние годы Мушарраф жил в Объединенных Арабских Эмиратах.
