Главное здание музея было закрыто на реконструкцию летом 2011 года, работы должны были быть завершиться в 2016 году. К сожалению, из-за исков компаний, проигравших тренд на принятие участие в работах, процесс реконструкции был задержан. Сейчас принято решение подписать контракты 16 апреля с компаниями Metrostav, Průmstav a IMOS Brno. 20 апреля должны начаться работы, которые теперь в связи с задержкой продлятся до 2018 года.
Общая цена реставрации составит 1,6 миллиарда крон. Пространство музея освобождено от экспонатов подчистую. Всего было вывезено около 6,5 миллиона предметов и полкилометра книг, не удалось вывезти только скелет финвала, длина которого составляет около 25 метров.
Здание национального музея, которому уже около 120 лет находилось в ужасном состоянии, во многих местах отпадала штукатурка, в ряде помещений утечка труб, окна в аварийном состоянии, крыша также нуждается в ремонте, так как в некоторых местах может не выдержать сильных порывов ветра и дождя. Когда начали вывозить мебель, то обнаружили огромные пятна на стенах, электропроводка в здании тоже устарела. Музей требует проведения капитального ремонта.
Особое внимание будет уделено сохранению аутентичности реконструированных элементов здания. Задачей будет проведение ремонтных работ при сохранении исторического вида. За этим будет следить группа специалистов из органа по надзору за историческими памятниками.
