Музей Иоганна Кеплера появился в Праге в 2009 году, в год, который был провозглашён всемирными организациями ЮНЕСКО и ООН, как Международный год астрономии. Музей был открыт в Праге, потому что именно в столице Чехии немецкий математик и астроном прожил 12 лет своей жизни. Именно эти годы были отмечены, как самые выдающиеся и успешные в его научной деятельности.
Музей находится непосредственно в самой квартире, где жил и работал Иоганн Кеплер, она небольшая всего 22 квадратных метра. Выставка демонстрирует устройства и предметы, которыми пользовался астроном, а на информационных панелях представлены сведения о жизни Кеплера и его выдающихся достижениях. Основными экспонатами являются секстанты, однако, имеется и множество других предметов, принадлежавших астрономам, работавшим при дворе императора Рудольфа II.